프로그램 매매에서 차익거래는 현· 선물시장의 연계성과 현물시장의 정보효과를 제고하는 본연의 기능을 수행한다. 차익거래는 이론적으로 선물가격과 현물가격간의 균형관계가 일시적인 수급상황 에 따라 이탈될 경우 이를 다시 균형상태로 회복시키므로 현물시장은 물론 선물시장의 효율성을 증대시키는 역할을 수행한다. 2010년 증권거래세법과 조세특례제한법이 개정됨에 따라 2009년까지 비과세대상이었던 공모펀드 및 국민연금기금을 비롯한 모든 연기금에 대하여 2010년부터 증권거래 세가 부과되었으며, 우정사업본부도 비과세대상으로 2012년까지 적용된 유예기간이 종료되면서 현· 선물간 차익거래에 대한 유인이 없어짐에 따라 차익거래시장이 대폭적으로 위축되었다. 본 연구는 현· 선물간 차익거래 시장의 중심축을 형성했던 투자주체인 공모펀드 및 연기금, 우정사업본부에 증권거래세가 부과되면서 나타난 프로그램 매매 시장의 구조적 변동이 KOSPI200 현· 선물시장의 연계성과 현물시장의 가격발견에 미친 효과를 일중 고빈도 자료를 활용하여 실증적으로 분석했다. 실증분석 결과, 증권거래세 면제가 종료되면서 현· 선물간 차익거래를 통한 현물시장의 가격발견 기능은 비과세기간에 대비하여 유의적으로 둔화되었으며, 차익거래는 현· 선물간의 관계를 주도적 으로 연계하기보다 현· 선물간의 가격 괴리에 의존하여 후행하는 경향이 강해졌다. 반면 비차익거 래가 현· 선물시장의 연계성에 미치는 영향은 1차 증권거래세 부과 기간에 유의적인 변화가 없었지 만, 2차 과세기간에 더욱 강화되었다. 두 차례의 증권거래세 면제가 부과로 인한 이같은 결과는 현· 선물시장을 주도적으로 연계시키는 차익거래의 본연의 기능이 약화된 것으로 해석될 수 있다.